截止2014年，我國研究生培養機構有830個，其中普通高校548個，科研機構282個，而普通高校中，軍事、有國防生以及涉及軍工技術的高校比例超過30%，科研機構中，涉及國家安全、國防安全、國家重大政策、軍工技術的超過90%，這些研究生培養機構中相當部分碩士生、博士生直接參與國家軍工、高新技術、國計民生、國家重大政策等方面研究，其學位論文可能涉及不同層次的安全問題，從中國知網收錄的學位論文與我國每年授予的學位數量數據可以推斷，不適合即時公開的涉密學位論文每年幾乎占授予研究生學位總量的近30%，這些學位論文需要相應的安全管理規范來保障。但目前我國部分高校對涉密論文缺乏安全管理意識、沒有系統規范的管理細則，導致涉密學位論文在有的環節沒有得到真正的保密，甚至給國家安全、國防安全、科技安全帶來威脅。

1、學位論文的安全管理意識薄弱

目前研究生培養機構的圖書館常認為圖書館是向讀者提供和傳遞信息的單位，學位論文保密工作大多流于形式，對學位論文安全管理意識薄弱，對待學位論文的態度是：事不關己，高高掛起。學位論文管理者根據自己主觀意愿管理學位論文，例如負責提交和管理涉密學位論文的人員沒有簽署涉密表和保密責任書，甚至有的涉密學位論文沒有經過嚴格審核就擅自流通利用。

2、涉密學位論文界定不明確和密級設置不統一

不同研究生培養機構對涉密論文界定存在不統一、不全面的現狀。雖然高校或者科研機構都制定了各自的涉密學位論文管理制度，對學位論文的范圍和密級設置主要由學校和導師確定，涉密范圍和密級設置過程中存在一定主觀意識，存在將可能涉及國防科技項目的學位論文界定為密級公開學位論文的狀況，為學位論文安全埋下隱患，有的為了逃避查重將非涉密學位論文界定為涉密論文，不利于學位論文流通。由于密級設置沒有一個全國統一規范，導致涉密學位論文安全管理存在安全隱患。

3、缺乏涉密學位論文各環節的過程監管

在開題、寫作、打印、提交、評閱、答辯、歸檔等各個環節中，涉密學位論文可能輾轉不同工作人員，在任何一個環節都有可能導致學位論文內容泄密，這些環節中對讀者保密、定密、解密、歸檔等管理制度不規范，作為秘密載體的涉密學位論文，登記和利用管理缺乏嚴格涉密管理制度， 任何一個環節出現監管不力，都有可能導致的泄密。

4、學位論文版權管理不規范

目前我國學位論文版權使用模式主要以“三方主體———兩層授權”模式，首先由學位論文作者與高校之間簽訂學位論文版權使用協議， 再由高校與學位論文開發機構簽署學位論文版權許可協議。在學位論文版權管理方面存在學位論文版權協議簽訂不自由和不規范、對學位論文的著作權人界定和轉授權不清晰等問題。

學位論文版權協議中， 高校和科研機構處于優勢地位， 版權協議主要是高校和科研機構單方制定的條款， 學生只有被動接受這些已經擬定好的版權協議，極易導致高校和科研機構過度維護自身權益，損害學生的合法權益； 國內不同研究生培養機構對學位論文的著作權人歸屬規定各不相同， 著作權歸屬主要分為三類：學生、學生和導師、學校。還有相當部分學位論文沒有明確著作權的歸屬方， 用學校作為著作權使用授權方， 為學位論文開發服務和轉授權等合法利用埋下隱患， 也無法保障學位論文著作權人的合法權益。